契税暂行条例》规定，在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳契税。

所称转移土地、房屋权属是指下列行为：

（一）国有土地使用权出让；

（二）土地使用权转让，包括出售、赠与和交换；

（三）房屋买卖；

（四）房屋赠与；

（五）房屋交换。

另参考《国家税务总局福建省税务局关于契税若干政策问题的公告》（国家税务总局福建省税务局公告2018年第20号）第二条规定，取得自建房用地的，应依法征收土地契税。

自建房建成后自用的，不征收房屋契税。

因此，公司自建厂房办理房产证时无需缴纳契税。